Depuis le 1er octobre 2026, les règles fiscales applicables aux OPCO ont changé. Et derrière ce qui ressemble à première vue à une réforme technique de TVA se cache un changement très concret pour les entreprises et les organismes de formation.

Pourquoi les règles de TVA des OPCO ont-elles changé ?

Pour comprendre la réforme, il faut remonter à son origine.

Depuis le transfert aux URSSAF et à la MSA de la collecte de la contribution unique à la formation professionnelle et à l’alternance, les OPCO fonctionnaient dans un environnement fiscal particulier.

La Direction de la législation fiscale a réexaminé ce fonctionnement.

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Dans deux rescrits fiscaux datant de novembre 2025 et février 2026, elle a considéré que certaines activités réalisées par les OPCO constituaient des prestations de services entrant dans le champ de la TVA.

Sont notamment concernés des services rendus :

• à France compétences ;
• à certains cofinanceurs ;
• aux entreprises, notamment dans le cadre de certains versements conventionnels ou volontaires.

Les OPCO sont donc désormais assujettis à la TVA pour une partie de leurs activités.

Cette modification a une conséquence importante : leur possibilité de récupérer la TVA doit désormais respecter les règles fiscales normales.

Et c’est précisément là que le circuit historique de financement de certaines formations pose problème.

Pourquoi cette réforme touche-t-elle la subrogation de paiement ?

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Prenons le fonctionnement historique le plus simple.

Une entreprise commande une formation.

L’organisme de formation réalise la prestation.

Mais au lieu de facturer l’entreprise, il facture directement l’OPCO.

L’OPCO paie alors tout ou partie de la facture à la place de l’entreprise.

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C’est la subrogation de paiement.

Schématiquement :

Organisme de formation → OPCO

et l’entreprise n’a pas forcément à avancer l’argent correspondant à la prise en charge.

C’était simple pour l’entreprise.

C’était également pratique pour l’organisme de formation.

Mais fiscalement, le montage devient plus délicat lorsque l’OPCO règle une prestation dont le véritable bénéficiaire est l’entreprise.

Depuis le 1er octobre 2026, les OPCO doivent donc appliquer beaucoup plus strictement les règles fiscales de droit commun.

Résultat : la subrogation ne peut plus être utilisée systématiquement.

Opco EP résume ainsi le changement : selon le financement mobilisé, la subrogation de paiement n’est désormais plus systématique et est remplacée par un remboursement à l’entreprise.

Atlas va encore plus loin dans sa présentation : depuis le 1er octobre 2026, la subrogation ne peut plus être appliquée sauf exception.

Avant et après le 1er octobre 2026 : ce qui change concrètement

Le changement se comprend mieux avec deux circuits.

Avant : le paiement direct de l’organisme était fréquent

Dans beaucoup de dossiers :

1. L’entreprise demandait une prise en charge à l’OPCO.
2. L’OPCO acceptait le financement.
3. L’organisme réalisait la formation.
4. L’organisme facturait directement l’OPCO.
5. L’OPCO payait l’organisme.

L’entreprise pouvait donc suivre une formation financée sans avancer la somme prise en charge.

Depuis le 1er octobre : le remboursement à l’entreprise devient fréquent

Pour les dossiers ne bénéficiant plus de la subrogation :

1. L’entreprise demande une prise en charge.
2. L’OPCO confirme le montant pris en charge.
3. L’organisme réalise la formation.
4. L’organisme facture l’entreprise.
5. L’entreprise règle l’organisme.
6. L’entreprise demande ensuite son remboursement à l’OPCO.

Chez AKTO, par exemple, pour les dossiers concernés et engagés à partir du 1er octobre, le paiement direct en TTC est remplacé par un remboursement à l’entreprise sur la base du montant HT pris en charge.

C’est probablement le point le plus important de toute la réforme.

Le montant de la prise en charge n’est pas nécessairement modifié. C’est le circuit financier qui change.

La subrogation OPCO est-elle supprimée ?

Non.

Dire que « la subrogation OPCO est supprimée depuis le 1er octobre » serait faux.

Elle est fortement restreinte, mais elle continue à exister dans certaines situations.

Les exceptions dépendent en partie du dispositif et de l’OPCO.

Deux cas ressortent clairement dans les règles publiées par plusieurs opérateurs.

Les contrats d’apprentissage

Le contrat d’apprentissage conserve généralement un traitement spécifique.

Chez AKTO, les contrats d’apprentissage continuent de pouvoir bénéficier de la subrogation.

Opco EP précise également que sa réforme des modalités de paiement concerne les dossiers hors contrat d’apprentissage.

Certaines formations des entreprises de moins de 50 salariés

Autre grande exception : les formations financées intégralement sur l’enveloppe du Plan de développement des compétences des entreprises de moins de 50 salariés, souvent désignée PDC-50.

Chez AKTO, les actions financées en totalité sur cette enveloppe peuvent continuer à bénéficier de la subrogation.

Atlas prévoit également la possibilité de subrogation pour les dossiers financés uniquement sur le PDC des entreprises de moins de 50 salariés, sous certaines conditions.

Mais il faut être prudent.

Il n’existe pas une règle opérationnelle absolument identique pour tous les OPCO et tous les dispositifs.

La bonne question n’est donc plus :

« Mon OPCO pratique-t-il la subrogation ? »

Mais :

« Mon dossier précis est-il accordé avec ou sans subrogation ? »

Et la réponse doit être recherchée dans l’accord de prise en charge transmis par l’OPCO.

Quels dispositifs sont particulièrement concernés ?

Chez Atlas, la liste des dossiers pouvant être traités sans subrogation comprend notamment :

• les contrats de professionnalisation ;
• certains plans de développement des compétences ;
• les périodes de reconversion ;
• certains cofinancements ;
• les parcours stratégiques ;
• certaines dépenses dépassant l’enveloppe légale des entreprises de moins de 50 salariés.

Chez AKTO, les contrats de professionnalisation engagés à partir du 1er octobre 2026 ne bénéficient plus de la subrogation.

La réforme est donc loin de ne concerner que quelques cas marginaux.

Organisme de formation exonéré de TVA : est-ce que cela change quelque chose ?

C’est l’une des principales sources de confusion.

Certains organismes de formation bénéficient de l’exonération de TVA prévue pour certaines activités de formation professionnelle continue.

On pourrait donc imaginer qu’un organisme ne facturant pas de TVA échappe aux nouvelles contraintes.

Ce n’est pas le cas.

Atlas répond explicitement à cette question : le fonctionnement reste identique même si l’organisme de formation est exonéré de TVA.

L’exonération de l’organisme ne crée pas un droit supplémentaire à la subrogation.

Prenons un exemple.

Un organisme de formation exonéré de TVA réalise une formation à 1 000 €.

Le dossier concerne un contrat de professionnalisation ne bénéficiant plus de la subrogation.

L’organisme facture donc directement :

• Entreprise : 1 000 €
• Il ne facture évidemment pas 1 200 €, puisqu’il est exonéré de TVA.

Mais l’entreprise devra quand même payer les 1 000 € à l’organisme puis effectuer sa demande de remboursement auprès de son OPCO.

Exonération de TVA et subrogation sont donc deux sujets différents.

C’est essentiel.

Et si l’entreprise elle-même ne récupère pas la TVA ?

C’est probablement le point économiquement le plus sensible de cette réforme.

Prenons une formation facturée :

• 1 000 € HT ;
• 200 € de TVA ;
• soit 1 200 € TTC.

Supposons que l’OPCO ait accordé une prise en charge de 1 000 € HT.

L’entreprise paie :

1 200 € à l’organisme de formation.

Puis elle demande :

1 000 € de remboursement à son OPCO.

Si l’entreprise récupère normalement la TVA, les 200 € suivent son circuit fiscal habituel de déduction.

Mais si elle ne récupère pas la TVA, la situation est différente.

Les 200 € constituent alors un coût réel.

Atlas est très explicite sur le sujet : même lorsqu’une entreprise est exonérée de TVA, cela n’ouvre pas droit à un cas supplémentaire de subrogation. Dans son exemple, l’organisme facture l’entreprise TTC et Atlas rembourse uniquement la partie HT.

Voilà pourquoi la réforme n’a pas le même impact selon la situation fiscale de l’entreprise.

L’OPCO rembourse-t-il le HT ou le TTC ?

Dans les dispositifs basculant vers le remboursement à l’entreprise, la logique générale est celle d’une prise en charge hors taxes.

Atlas indique explicitement :

« Atlas rembourse uniquement la part HT à l’entreprise, à hauteur de l’accord de prise en charge. »

AKTO applique la même logique sur les dossiers concernés : l’entreprise paie le prestataire, puis demande à AKTO le remboursement dans la limite du montant HT pris en charge.

Il faut néanmoins distinguer le cas où la subrogation reste autorisée.

Chez Atlas, lorsqu’un dossier bénéficie de la subrogation, Atlas peut régler directement la facture TTC à l’organisme de formation dans la limite de l’accord de prise en charge.

On arrive donc à deux circuits très différents.

Quel impact sur la trésorerie des entreprises ?

C’est ici que la réforme devient beaucoup moins théorique.

Avec la subrogation, une entreprise pouvait engager une formation de plusieurs milliers d’euros tout en ayant peu ou pas de trésorerie à avancer sur la partie financée.

Avec le nouveau fonctionnement, elle peut devoir avancer la totalité de la facture.

Prenons une formation pour cinq collaborateurs :

5 000 € HT + 1 000 € de TVA = 6 000 € TTC.

Avec subrogation et prise en charge complète, l’OPCO pouvait régler directement l’organisme.

Trésorerie mobilisée par l’entreprise :

potentiellement 0 €.

Sans subrogation :

• l’entreprise doit pouvoir régler 6 000 €.
• Puis elle demande son remboursement.
• Même si le coût final économique est proche pour une entreprise récupérant la TVA, l’effort de trésorerie n’est absolument pas le même.

C’est précisément pour éviter que cette réforme ne freine les départs en formation que les onze OPCO avaient indiqué dès avril 2026 vouloir en limiter les impacts sur les entreprises.

Est-ce que l’entreprise doit attendre d’avoir payé la formation pour demander son remboursement ?

Pas nécessairement.

C’est un autre point important.

Chez AKTO, par exemple, la demande de remboursement peut être effectuée à partir de la facture de l’organisme, qu’elle soit acquittée ou non.

AKTO indique également qu’une demande peut s’appuyer sur une facture pro forma dans certaines situations.

Pour les contrats de professionnalisation, AKTO précise par ailleurs qu’un remboursement partiel « au fil de l’eau » reste possible sans attendre la fin de toute la formation.

Le nouveau circuit augmente donc le besoin de trésorerie, mais ne signifie pas nécessairement que l’entreprise doit attendre plusieurs mois après la fin de l’action avant de lancer toute démarche.

Là encore, il faut regarder les modalités précises de son OPCO.

Et pour les organismes de formation ?

Pour un organisme de formation, la principale difficulté est désormais très opérationnelle :

• à qui faut-il envoyer la facture ?
• Avant d’émettre une facture, il faut connaître le mode de gestion retenu sur le dossier.
• Chez Atlas, la règle est particulièrement claire.

Si le courrier d’accord mentionne la subrogation :

• l’organisme facture Atlas.
• En l’absence de courrier indiquant la subrogation :
• l’organisme facture l’entreprise.

Chez AKTO, les prestataires doivent également facturer directement l’entreprise lorsque le dossier n’est plus éligible à la subrogation.

Cela paraît évident une fois écrit.

Mais dans les faits, cela change les habitudes administratives de nombreux organismes de formation.

Le risque est notamment de produire une facture destinée à l’OPCO alors que le dossier doit désormais être facturé au client.

Cette facture devra alors être corrigée.

Pour les organismes qui traitent beaucoup de dossiers financés, la bonne pratique devient donc :

• ne jamais déduire le destinataire de la facture à partir du seul nom du dispositif.
• Il faut vérifier l’accord de prise en charge.

La date de la formation détermine-t-elle l’application de la réforme ?

Non.

Autre piège fréquent : croire qu’une formation commençant avant le 1er octobre relève automatiquement des anciennes règles.

Ce n’est pas nécessairement la bonne date.

Chez AKTO, la référence est la date d’engagement du dossier, c’est-à-dire la date de l’accord de prise en charge.

Chez Atlas, la date de référence est également celle du premier engagement du dossier, matérialisée par le premier courrier d’accord.

Cela donne une situation tout à fait possible :

• demande envoyée le 25 septembre ;
• formation prévue en octobre ;
• accord OPCO émis le 3 octobre.

Le dossier peut alors relever des nouvelles règles.

À l’inverse, un dossier engagé avant le 1er octobre avec subrogation peut conserver son ancien fonctionnement jusqu’à son dénouement.

AKTO indique ainsi que les engagements réalisés avant le 1er octobre 2026 continuent à relever de l’ancien régime fiscal.

Il ne faut pas confondre prise en charge et mode de paiement

• C’est une nuance fondamentale.
• La réforme du 1er octobre ne signifie pas mécaniquement que les OPCO financent moins les formations.
• Opco EP précise par exemple que ses critères d’éligibilité, ses règles et ses plafonds de prise en charge restent inchangés.
• Prenons deux dossiers bénéficiant chacun d’une prise en charge de 1 500 € HT.

Dossier A : subrogation

• L’organisme facture l’OPCO.
• L’OPCO verse la prise en charge directement à l’organisme.

Dossier B : remboursement

• L’organisme facture l’entreprise.
• L’entreprise paie.
• L’OPCO rembourse ensuite 1 500 € à l’entreprise.
• Le financement peut donc rester identique.
• Ce qui a changé, c’est celui qui avance l’argent.
• Et ce n’est pas un détail.

Pourquoi cette réforme peut avoir des effets inattendus sur la formation des petites entreprises

Sur le papier, remplacer un paiement direct par un remboursement peut sembler être une simple modification comptable.

Dans la réalité d’une TPE, c’est autre chose.

Une entreprise disposant de peu de trésorerie peut parfaitement avoir droit à 3 000 € de financement OPCO tout en étant incapable d’avancer immédiatement une facture de 3 600 € TTC.

Il existe donc un paradoxe :

• un financement peut être accordé mais devenir plus difficile à utiliser faute de trésorerie disponible.
• C’est probablement l’un des enjeux les plus importants à surveiller dans les prochains mois.
• Les exceptions accordées au PDC des entreprises de moins de 50 salariés cherchent justement à limiter une partie de cet effet.
• Chez AKTO, les formations financées à 100 % sur le PDC-50 peuvent conserver la subrogation.

La réforme change aussi la relation entre l’entreprise et l’organisme de formation

Avec la subrogation généralisée, l’organisme de formation pouvait entretenir deux relations distinctes :

• une relation commerciale avec l’entreprise ;
• une relation financière avec l’OPCO.

Désormais, dans de nombreux dossiers, les deux relations se rejoignent.

L’entreprise :

• achète la formation ;
• reçoit la facture ;
• paie la facture ;
• puis gère son financement auprès de l’OPCO.

C’est une logique finalement plus proche d’une relation commerciale classique.

Mais elle modifie les responsabilités.

L’organisme de formation n’est plus nécessairement responsable du suivi du paiement auprès de l’OPCO.

Et l’entreprise doit davantage piloter elle-même son dossier de remboursement.

Ce qui ne change pas

Au milieu de toutes ces modifications, plusieurs éléments doivent rester clairs.

La réforme :

• ne signifie pas que toutes les formations deviennent assujetties à TVA ;
• ne supprime pas l’exonération dont peuvent bénéficier certains organismes de formation ;
• ne supprime pas tous les financements OPCO ;
• ne supprime pas la subrogation dans absolument tous les cas ;
• ne transforme pas nécessairement les plafonds de prise en charge ;
• ne signifie pas que l’entreprise récupère toujours la TVA.

Elle modifie avant tout les règles fiscales et les circuits de paiement associés au financement.

Les erreurs à éviter depuis le 1er octobre 2026

La première erreur est de continuer à fonctionner exactement comme avant.

Un organisme de formation ne devrait plus supposer que toute prise en charge OPCO signifie :

• « Je facture l’OPCO. »
• Ce n’est plus vrai.
• La deuxième est de penser qu’une formation exonérée de TVA conserve automatiquement la subrogation.
• C’est faux également.
• La troisième est de raisonner uniquement à partir de la date de début de formation.
• C’est souvent la date d’engagement du dossier qui détermine le régime applicable.

La quatrième est de confondre :

• prise en charge de 1 000 € et prise en charge de 1 000 € TTC.
• Dans un dossier traité en remboursement, l’OPCO peut ne financer que la partie HT.
• Enfin, la cinquième erreur consiste à appliquer les règles d’un OPCO à tous les autres.
• Les grands principes sont communs, mais les exceptions et les procédures peuvent varier.

Que faut-il vérifier avant chaque formation financée par un OPCO ?

Depuis le 1er octobre, quelques vérifications deviennent indispensables.

1. Identifier l’OPCO concerné.
2. Identifier le dispositif utilisé : PDC, apprentissage, professionnalisation, cofinancement, versement volontaire, etc.
3. Vérifier la date d’engagement du dossier.
4. Lire précisément l’accord de prise en charge.
5. Vérifier s’il mentionne explicitement une subrogation de paiement.
6. Identifier qui doit être facturé : OPCO ou entreprise.
7. Vérifier si le montant accordé est exprimé HT ou TTC.
8. Vérifier la situation de l’entreprise et de l’organisme vis-à-vis de la TVA.

Cette petite discipline administrative évitera une grande partie des erreurs.

Exemple complet : une formation à 2 000 € HT

Prenons une entreprise dont l’OPCO accepte une prise en charge de 2 000 €.

L’organisme de formation facture la TVA à 20 %.

Prix :

• 2 000 € HT
• 400 € de TVA
• 2 400 € TTC

Cas 1 : subrogation autorisée

Selon les modalités prévues par l’OPCO :

• Organisme → facture OPCO
• L’OPCO règle directement l’organisme dans les conditions prévues par l’accord.
• L’entreprise n’avance pas nécessairement les 2 400 €.

Cas 2 : absence de subrogation

Organisme → facture entreprise : 2 400 €

L’entreprise règle la facture.

Elle sollicite ensuite son OPCO.

Prise en charge OPCO :

• 2 000 € HT, si l’accord couvre ce montant.
• La TVA de 400 € suit le traitement fiscal propre à l’entreprise.
• Si elle peut la déduire, elle la récupère par son circuit normal de TVA.
• Si elle ne peut pas la déduire, elle peut rester à sa charge.

Et voilà pourquoi deux entreprises bénéficiant exactement du même financement OPCO peuvent avoir un coût final différent.

Exemple avec un organisme de formation exonéré de TVA

Même formation :

• 2 000 €
• Mais l’organisme bénéficie de l’exonération de TVA applicable à son activité.

La facture est donc :

• 2 000 € net de TVA.
• Si le dossier n’est pas éligible à la subrogation :
• l’organisme facture quand même l’entreprise.
• L’entreprise règle les 2 000 €, puis demande le remboursement prévu par son OPCO.
• L’absence de TVA simplifie le montant.
• Elle ne change pas le circuit.

Tableau récapitulatif

A propos de l’auteur

Je suis Franck Scandolera, expert et formateur en data, IA et automatisation no-code. Je dirige l’agence webAnalyste et l’organisme Formations Analytics. J’accompagne des entreprises comme Logis Hôtel, Yelloh Village, BazarChic, la Fédération Française de Football et Texdecor sur leurs sujets de données et de transformation. Je suis disponible pour aider votre entreprise : contactez-moi.

Franck Scandolera

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